검찰은 조국씨 딸의 부산대 의학전문대학원 장학금과 관련해 ▲뇌물수수 ▲부정청탁 및 금품 등 수수 금지에 관한 법률 위반 혐의를 조국씨에게 적용했다. 검찰은 조 전 장관이 민정수석으로 대통령 등이 임명하는 고위공직자 인사검증 및 직무감찰 등 권한을 행사할 수 있는 지위에서 직무 관련 딸의 장학금을 받았다고 판단했다. 노 원장이 부산대병원장 등 고위직 진출 관련 조 전 장관이 영향력을 행사할 수 있다는 사실을 알고 청탁 명목으로 뇌물을 줬다고 검찰은 본 것이다.
조 전 장관은 자녀들의 입시비리와 관련해선 위계공무집행방해, 업무방해, 위조공문서행사, 허위작성공문서행사, 사문서위조, 위조사문서행사 혐의를 받고 있다. 조 전 장관 부부는 아들 조모씨 등과 공모해 2017~2018년 서울대 공익인권법센터 허위 인턴활동증명서와 미국 조지워싱턴대 허위 장학증명서, 모 변호사 명의 허위 인턴 활동확인서 등을 고려대와 연세대 대학원, 충북대 법학전문대학원 지원 당시 제출해 학교 업무를 방해한 혐의 등을 받고 있다.
이 밖에 조 전 장관은 정 교수 및 딸과 공모해 2013년 딸의 서울대 의전원 지원 당시 위조된 서울대 공익인권법센터 인턴확인서 및 동양대 표창장 등을 제출한 혐의도 받고 있다.
조 전 장관은 정 교수의 사모펀드 관련 혐의에도 연루돼 있다. 검찰은 조 전 장관 부부에게 공직자윤리법 위반, 위계공무집행방해 혐의를 적용했다. 조 전 장관은 지난 2017년 5월 민정수석 취임 후 차명주식 보유 사실을 은폐하기 위해 허위 신고를 한 혐의 등을 받고 있다. 검찰은 조 전 장관이 8억원 상당의 코링크프라이빗에쿼티(PE) 차명 주식 보유 사실을 숨기고 다른 이에게 같은 액수의 채권이 있는 것처럼 재산을 허위 신고한 것으로 조사했다. 이후 공직자윤리위원회로부터 소명자료를 제출하라는 요구를 받고도 허위 계약서 등을 제출한 것으로 파악했다. 또 조 전 장관 부부가 임명 한 달 후에도 차명으로 코링크PE와 그 투자를 받은 웰스씨앤티, WFM 주식 등을 보유하고도 백지신탁 또는 처분을 하지 않은 혐의도 받고 있다.
조국씨는 증거 위조·은닉을 교사했다는 혐의도 받는다. 조국은 아내와 공모해 자택과 동양대 컴퓨터 하드디스크를 교체하거나 빼돌리도록 지시하고, 청문회를 앞두고 사모펀드 관련 투자운용현황 보고서를 위조하도록 한 혐의다. 검찰은 아내 정경심 교수의 재판이 진행 중으로 관련 혐의 및 증거가 중복되는 점을 고려해 기존 재판부에 병합을 신청했다고 밝혔다. 추후 사모펀드 등 관련자들의 처분을 결정해 순차적으로 수사를 신속히 마무리한다는 방침이다.
조국씨는 현재 다른 사건으로도 수사를 받고 있다. 조 전 장관은 민정수석 시절 유재수 전 부산시 경제부시장의 감찰 무마 혐의(직권남용)를 받고 있다.
최 비서관은 지난해 9월부터 청와대 민정수석실 공직기강비서관으로 일했으며, 지난해에는 법무법인 청맥 소속 변호사로 활동했다. 검찰은 정 교수가 조 전 장관과 같은 서울대학교 동문이자 평소 가까운 사이인 최 비서관에게 아들의 인턴활동 증명서를 허위로 발급해달라고 부탁했다고 봤다.
또 검찰은 조국씨 부부가 아들의 대학 시험 문제를 대신 풀었다는 내용도 공소장에 포함했다. 아들 조씨가 지난 2016년 조지워싱턴대학교에 재학 중이던 당시 'Global Perspective on Democracy' 온라인 시험 문제를 촬영한 사진을 받아 각각 나눠 풀고 답안을 다시 아들에게 전송한 것으로 조사됐다.
검찰은 조국씨 아들의 고등학교 출석을 인정받기 위해, 자신이 속한 서울대 공익인권법센터에서 인턴 활동을 하기로 예정됐다는 증명서를 허위 발급받았다고 공소장에 적시했다. 정경심씨는 아들이 자신이 근무하던 동양대 학내 프로그램을 이수하고 총장 명의 상장을 받은 것처럼 위조했다.
딸 조모씨의 입시와 관련해서도 조국씨 부부가 서로 상의해 공익인권법센터 인턴 증명서 허위 발급, 부산의 호텔 인턴 경력 위조, 단국대학교 및 공주대학교의 인턴 증명서 조작, 동양대 표창장 위조 등의 방법으로 만든 스펙을 서울대 의학전문대학원 입시에 제출했다고 검찰은 판단했다.