정부는 3월 21일 보건복지부 장관 명의로 행정명령을 발동하고 종교시설, 실내 체육시설 등에 대해 운영제한 조치를 내렸다. 중앙사고수습본부에 따르면, 3월 22일부터 다음달 5일까지 ▲종교시설 ▲무도장·무도학원·체력단련장·체육도장과 같은 실내 체육시설 ▲콜라텍·클럽·유흥주점 등 유흥시설 등의 운영 중단이 권고됐다. 이번 조치의 법적 근거는 감염병예방법 제49조 제1항 제2호에 의한 집회·집합금지명령이다.
  
박능후 복지부 장관은 이날 오후 서울정부청사에서 기자들에게 "정부의 강한 의지를 담는 취지에서 이번 행정명령을 발동했다"며 "어떤 지자체는 행정명령을 통해 대책을 강구하고 있는데 반해 일부는 소홀하다. 통일되게 중앙정부 차원에서 시설 집단 방역 준칙을 지키도록 행정명령을 내렸다"고 말했다.