11월 6일 검찰에 따르면, 서울중앙지검 반부패수사2부(부장검사 고형곤)는 최근 법원으로부터 조씨의 계좌에 대한 압수수색 영장을 발부받았다. 그의 휴대전화는 압수하지 않은 것으로 전해졌다. 검찰 측은 "조 전 장관의 계좌에 대해 제한적 범위 내에서 압수수색 영장을 발부 받았다"며 "계좌 추적을 진행 중"이라고 밝혔다.
 
검찰은 조씨의 부인 정경심 동양대학교 교수의 계좌 내역도 추적하고 있다. 부인 정씨는 그가 출자한 사모펀드의 운용사 투자를 받은 WFM의 미공개 정보를 이용해 주식을 사들인 혐의 등을 받고 있다. 검찰은 정씨가 WFM 주식을 사들인 당일 조씨 계좌에서 수천만 원이 이체된 정황을 포착, 관련 의혹 전반을 수사 중인 것으로 알려졌다.
 
검찰은 조씨의 서울대 로스쿨 교수 연구실도 압수수색했다. 현장에 조씨는 없었으며, 변호인이 참여했다. 이번 압수수색은 조씨를 직접 겨냥한 것으로 풀이된다.
 
조씨는 자신의 딸과 아들의 서울대 공익인권법센터 허위 인턴증명서 발급 의혹에 연루된 것 아니냐는 의심을 받고 있다. 검찰은 검사와 수사관들을 연구실에 보내 관련 자료들을 확보했으며, 압수한 자료 등을 분석하고 있다. 검찰은 조씨의 소환 여부와 시기는 아직 결정된 바 없다며 신중한 입장을 취하고 있다.
 
한편 조씨의 동생이 건강 상태를 이유로 불출석 사유서를 제출하고 소환에 응하지 않는 것으로 알려졌다. 동생 조씨는 지난 10월 31일 구속 이후 세 차례 조사를 받았지만, 모두 건강 문제로 조사 중단을 요청했다.
 
검찰은 조씨의 구속 기간 연장 신청을 적극 검토하고 있다. 조씨는 웅동학원 채용비리 및 허위 소송 관련 혐의를 받고 있다. 검찰은 조사 중단으로 충분한 시간을 확보하지 못하고 있는 상황이라며 조사가 더 필요하다는 입장이다.
 
조국씨의 부인 정씨도 지난달 31일과 지난 4일 건강 상태를 이유로 불출석 사유를 내고 검찰 소환에 불응했다. 끝까지 버티는 모양새다. 정씨는 11월 11일 구속 기간이 만료돼 재판에 넘겨질 예정이다.