하지만 윤 후보자는 청문회 과정에서 위증 논란에 휩싸였다. 이로 인해 자유한국당과 바른미래당은 사퇴를 주장하고 있다. 결과적으로 윤 후보자는 인사청문 경과보고서 없이 임명될 가능성이 크다. 문 대통령이 윤 후보자를 임명하게 되면 현 정부 출범 이후 보고서 채택 없이 임명되는 장관급 고위공직자는 16명으로 늘게 된다.
윤 후보자가 검찰총장 후보자로 지명된 한 달 전과 비교하면 긍정 여론이 낮아지고 부정 여론이 6% 가량 높아졌다. 당시에는 윤 후보자 지명에 대해 '잘 했다'는 평가가 49.9%, '잘 못했다'는 평가가 35.6%였다.
앞서 윤 후보자는 인사청문회 과정에서 자신과 막역한 윤대진 법무부 검찰국장의 형인 윤우진 전 용산세무서장이 뇌물 수수혐의로 조사받을 당시 검찰 출신 변호사를 소개하는 등 사건에 개입했다는 의혹을 받았었다. 윤 후보자는 청문회 동안 이를 부인했지만 윤 후보자 자신이 검찰 출신 변호사를 윤 전 세무서장에 소개해줬다는 통화 녹취록이 공개되면서 논란이 일었다. 야권은 윤 후보자가 위증했다고 강력히 비판하며 사퇴를 주장하고 있다.