이런 가운데 4대(大) 과학기술계 단체인 한국과학기술단체총연합회·대한민국의학한림원·한국공학한림원·한국과학기술한림원은 최근 국방부에서 논의되고 있는 전문연구요원제도의 축소 계획 철회를 촉구하는 공동 성명서를 지난 7월 15일 발표했다. 전문연구요원제도는 과학기술 인재 양성을 목적으로 이공계 대학원생들이 군 복무 대신 4주간의 군사훈련을 받은 뒤 36개월간 의무적으로 연구현장을 지키게 하는 제도다.
  
하지만 국방부는 출산율 저하와 이로 인한 병역자원 감소에 대응하기 위해 전문연구요원제나 산업기능요원 등 병역대체 제도를 대폭 손질한다는 방침을 세우고 과학기술정보통신부·중소벤처기업부·문화체육부 등 관련 부처와 협의를 하고 있다. 국방부는 각 부처가 관할하는 병역대체제도의 정원 중 30% 이상을 감축해야 한다는 입장이다.
   
이에 4대 과학기술계 단체는 대학의 미래와 국가 과학기술 경쟁력 확보를 위해 처음으로 성명서를 내고 반대 목소리를 높이고 있는 것이다. 이들은 성명서를 통해 "전문연구요원제도가 축소되거나 폐지될 경우 국내 이공계 대학원의 인적 자원의 붕괴와 고급두뇌의 해외 유출 가속화가 더 심각해질 것"이라며 "이는 한국의 압축 성장을 견인한 고급 인력 확보에 지장을 초래해 국가경쟁력 약화로 이어질 것이 자명하다"라고 지적했다.

 

그러면서 "국방력 강화는 과학기술력 기반의 국가경쟁력이 뒷받침될 때 가능하고 우수 연구인력 확보는 그 필수 요건"이라며 "전문연구요원은 병역특혜 차원이 아니라 대체복무이고 핵심 과학기술인력을 양성하고 지원하는 것이 도입 취지인 만큼 축소가 아니라 오히려 30% 이상 증원하는 것이 시대에 맞는 조치"라고 덧붙였다.
 
국내 과학기술 발전에 적지 않은 역할을 해온 ‘전문연구요원제도’는 1973년 도입된 병역특례 제도 중 하나다. 병무청장이 선정한 기관에서 전문 연구개발 업무에 종사하며 병역 의무를 대체한다. 카이스트를 최초 병역특례기관으로 선정한 후 대상을 확대 적용해 현재 국내 이공계 대학은 물론 과학기술특성화대학의 교육·연구 성과 창출에 기여했다는 평가다. 
 
그러나 최근 대체복무 축소와 각종 병역 특혜 시비가 불거지며 전문연구요원 제도를 축소하는 방안이 논의돼 왔다. 이공계 전문연구요원은 2500명, 산업계 전문연구요원은 1500명 수준이다. 정부는 전문연구요원을 포함한 대체복무 감축 규모와 발표 시기는 국방부 등 관계부처와 협의 중인 사항으로 확정된 것이 없다는 입장이다. 과기정통부는 "병역자원 급감 등 국방 환경 변화와 미래 우수 과학기술 인재 양성 필요성 등을 감안해 국방부 등 관계부처와 협의 중"이라고 선을 그었다.
 

 

  
하지만 과학계와 산업계에서는 2016년에 이어 또다시 불거진 전문연구요원 축소 움직임에 즉각 반발했다. 2016년 국방부는 전문연구요원을 포함한 병역특례를 줄이겠다고 밝혔다가 사회적으로 논란이 확산되며 한 차례 철회한 바 있다.
 
한국과학기술한림원은 '한림원의 목소리'를 통해 "4차 산업혁명 시대를 맞아 국가 연구개발(R&D) 역량 강화를 위해 우수한 과학기술 인재가 절실하다"며 "글로벌 경쟁 시대 인재 양성을 위해 전문연구요원 제도를 확대 운영해야 한다"고 주장했다. 특히 과기한림원은 전문연구요원 제도가 과학기술 인력 유치·유인의 효과적인 제도이자 현재 국내 석·박사 학위과정 학생들의 교육 및 연구 환경을 일정 수준으로 유지시켜주는 시스템 역할을 하고 있다고 반박했다.
 
전문연구요원제도는 군복무를 대체하는 특례제도인 만큼 효과를 극대화 할 수 있는 방안으로 운영돼야 한다고 제언했다. 이를 위해 전문연구요원 선발을 위한 합리적인 기준과 부실 복무 문제를 예방할 수 있는 방안을 마련하고, 선발의 불확실성을 개선해야 한다고 밝혔다.
 
앞서 한국과학기술원, 광주과학기술원, 대구경북과학기술원, 울산과학기술원 등 4개 과학기술특성화대학은 지난 5월 '전문연구요원제도 혁신을 위한 4개 과기원 토론회'를 열고 우려를 전달했다.
 
과학기술계는 4차 산업혁명 시대를 맞아 인공지능(AI), 로봇공학, 빅데이터, 생명과학, 사물인터넷(IoT) 등 다양한 분야에 대비할 우수 인재의 양성이 국가적으로 시급한 때에 전문연구요원제도는 최소한 현행과 같은 수준으로 지속, 유지돼야 한다는 입장을 밝혔다.
 
산업기술혁신 협단체의 모임인 '테크놀로지 이노베이션 클럽(TI)'도 입장문을 통해 반대 의견을 밝혔다. 입장문에는 벤처기업협회, 코스닥협회, 한국벤처캐피탈협회, 한국소프트웨어산업협회, 한국엔지니어링협회 등 14개 기관이 참여했다. 이들은 "우수 연구인력 확보가 어려운 중소·중견기업이 석박사급 인력을 활용할 수 있는 제도로서 역할을 해왔고, 현재도 1800개의 중소기업이 이를 통해 인력을 활용하고 있다"며 "기업의 어려움이 가중되는 상황에서 산업계 전문연구요원의 정원 감축은 기업의 기술혁신 의지를 꺾는 처라"라고 반박했다.
 
여권 중 유일하게 이상민 민주당 의원은 "전문연구요원 제도는 중소기업 인력난을 해소하고, 고급 두뇌의 해외 유출을 줄이며, 미래세대가 이공계를 선택하도록 유인하는 제도"라며 "과학기술 인재의 유출은 과학기술과 대한민국 미래의 유출이고 국방력을 포함한 국가경쟁력을 포기하는 것이자 국가 안보를 포기하는 것과 같다"고 반대입장을 보이고 있다.